As Secretaria Municipais são os órgãos da Prefeitura de Aguaí responsáveis pelo gerenciamento de ações, programas e políticas públicas ligadas a um determinado tema gerencial, como saúde, educação, assistência social, cultura ou transportes. Todas as Secretarias Municipais fazem parte da Administração Direta, sendo organizadas e regulamentadas através de legislação própria.

Todas as Secretarias possuem portais institucionais próprios, onde divulgam informações sobre as ações empreendidas pelo órgão, além de dados e documentos públicos de publicação obrigatória, como contratações, doações, legislação própria, agenda do(a) Secretário(a), entre outras informações.

Para acessar os portais de cada Secretaria Municipal que compõe a estrutura administrativa da Prefeitura, clique sobre no botão do órgão correspondente na listagem abaixo.